Aktualne rozwiązania formalne i organizacyjne Wewnętrznego Systemu Zapewnienia Jakości Kształcenia w Uniwersytecie Ekonomicznym w Krakowie, zostały zapoczątkowane w latach 2008 ‑ 2009, wprowadzeniem procesu monitorowania jakości kształcenia w nowej formule. Są one kontynuacją rozwiązań, jakie ówczesna Akademia Ekonomiczna, jako jedna z pierwszych w Polsce, rozpoczęła już w roku akademickim 1991/1992.
W ostatniej dekadzie XX wieku, w polskim szkolnictwie akademickim, zainicjowano prace nad systemem zapewniania jakości kształcenia na szczeblu ówczesnego Ministerstwa Edukacji Narodowej i Rady Głównej Szkolnictwa Wyższego. W wielu krajach o bogatej tradycji kształcenia akademickiego, od dłuższego czasu działały już stosowne mechanizmy zewnętrzne, krajowe agendy analizujące, kontrolujące na podstawie samooceny wewnętrznej, jakość kształcenia uczelni lub jej jednostek z pozycji „niezależnych sędziów".
W latach 90-tych w Polsce, znacznie wzrosła liczba studentów, a szczególnemu umasowieniu uległy studia ekonomiczne. Utrzymanie odpowiedniego poziomu kształcenia wymogło konieczność odwoływania się do wewnętrznych mechanizmów i procedur analizowania oraz oceniania jakości kształcenia. Sprowadzało się to do szacowania działań edukacyjnych w zakresie rozwoju kadry, poziomu przygotowania studentów, formy oceny wyników kształcenia oraz techniczno-organizacyjnych warunków jej realizacji.
W wyniku podjętych prac na szczeblu rządowym powstała Państwowa Komisja Akredytacyjna [obecnie Polska Komisja Akredytacyjna], dbająca o poziom edukacji akademickiej w skali Polski, prowadząca obligatoryjne akredytacje. Powstała również m.in. Fundacja Promocji i Akredytacji Kierunków Ekonomicznych, założona przez Rektorów wiodących uczelni ekonomicznych, umożliwiająca uczelniom o profilu ekonomicznym dobrowolne starania o akredytacje.
Właśnie z początkiem lat 90-tych, w krakowskiej Akademii Ekonomicznej rozpoczęto proces formułowania strategii jakości dydaktyki, obejmujący m.in. rozpoznanie istniejącego poziomu nauczania i zaproponowanie działań zmierzających do eliminacji ewentualnych nieprawidłowości. Bardzo istotnym impulsem monitorowania projakościowych zmian w kształceniu było wygranie przez naszą Uczelnię konkursu pn. „Inicjatywy dotyczące poprawy jakości nauczania". AE została wyróżniona, za nowatorski w kraju, system oceny prowadzenia zajęć. Środki z nagrody umożliwiły rozpoczęcie w latach 1992 - 95 badań gromadzących opinie studentów o zajęciach dydaktycznych, umożliwiające wgląd w ich nastawienie oraz odbiór pracy poszczególnych wykładowców. Po wielu badaniach pilotażowych przygotowano podstawowy zestaw pytań opisujący obserwowalne elementy postawy dydaktycznej, opracowano program komputerowej analizy danych, a wyniki merytoryczne badań umożliwiły doskonalenie metodycznej strony zajęć oraz poprawę relacji nauczyciel - student.
Powyższe przedsięwzięcie, w sferze projektowania i realizacji systemu projakościowych działań Uczelni, podjęło, z inicjatywy Rektora prof. dr. hab. Jerzego Mikułowskiego-Pomorskiego, ówczesne Studium Psychologii i Pedagogiki AE.
Czteroletni moduł czasowy prowadzenia badań nawiązywał do obowiązku okresowej (co cztery lata) oceny nauczyciela akademickiego, wynikającej z ustawy i statutu Uczelni. Po roku 2002 kontynuacja badań ankietowych opiniowania zajęć dydaktycznych przez studentów została zawieszona lub ograniczona do niewielkiej grupy asystentów stażystów i pracowników przed awansem i przeszeregowaniem.
Badania monitorujące jakość kształcenia w Uczelni, w tym możliwość wypowiedzenia się studentów o zajęciach dydaktycznych, w których uczestniczą, wznowiono w roku akademickim 2008/2009. Odtąd odbywają się one w każdym semestrze i dotyczą wszystkich zajęć dydaktycznych oraz wszystkich nauczycieli akademickich prowadzących zajęcia w danym semestrze. Monitorowanie jakości zajęć dydaktycznych jest jednym z elementów Wewnętrznego Systemu Zapewniania Jakości Kształcenia UEK.
W październiku 2008 r. z inicjatywy ówczesnego Rektora prof. dr. hab. Romana Niestroja, zostało powołane Biuro Pełnomocnika Rektora ds. Jakości Kształcenia, które działa niezmiennie do dziś (obecnie jako Zespół Monitorowania i Analiz Jakości Kształcenia funkcjonujący w ramach Centrum Jakości Kształcenia).
Pierwszym Pełnomocnikiem Rektora ds. Jakości Kształcenia (2008-2012) był prof. dr hab. Jan W. Wiktor. W latach 2012 – 2020 funkcję tę pełnił prof. dr hab. Jerzy Kornaś. W roku akad. 2020/2021 Pełnomocnikiem Rektora ds. Jakości Kształcenia został powołany dr Wojciech Szymla.
Obecnie, od 1.10.2021 r., funkcję tę pełni dr hab. Renata Seweryn, prof. UEK.